Bu yazıda, Windows 10 PC için en iyi ücretsiz Moleküler Modelleme yazılımını ele alacağız. ^{(Molecular Modeling software)}Bu ücretsiz yazılımları kullanarak, basitten karmaşığa çeşitli kimyasal bileşiklerin modellerini oluşturabilirsiniz. Bu yazılım koleksiyonu biyoinformatik, kimya mühendisliği vb. öğrencileri için yararlıdır . Kimyasal bir bileşik oluşturmak için Periyodik Tablodan^{(Periodic Table)} farklı elementler ekleyebilirsiniz . Ayrıca, bu yazılımlarda kimyasal bir bileşiği tel kafes, top ve çubuk, boru, top ve silindir^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} ve daha fazlası gibi farklı stillerde görüntüleyebilirsiniz.

Windows 10 için Moleküler Modelleme^(Modeling) yazılımı

Bu yazılımlardan bazıları, size kolaylık sağlamak için farklı kimyasal grupları ve yapıları da içerir. Basitçe^(Simply) onları seçin ve kimyasal modeliniz hazır. Kimyasal grupların örnekleri arasında  alkoller, benzen, aldehitler, amino asitler vb. sayılabilir. Bunun dışında ^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)}enerji, bağ uzunluğu^{(energy, bond length)} vb. kimyasal hesaplamalar da yapabilirsiniz  .

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Tasarımcısı

Onlara bir göz atalım.

1] avagadro

 Avogadro  , birçok özelliğe sahip mükemmel bir moleküler modelleme yazılımıdır. Kullanıcı dostu arayüzü, kullanıcılar için anlaşılmasını kolaylaştırır. Yazılımı başlatırken, sol tarafta siyah bir ekran ve bir panel göreceksiniz. Sık kullanılan bazı öğelere sol paneldeki “ açılır menüden ” erişebilirsiniz. ^{(drop-down menu)}Tüm elementlere erişmek istiyorsanız , açılır menüden “ diğer ”e tıklamanız yeterlidir, yazılım ^(other)Periyodik Tabloyu^{(Periodic Table)} başlatacaktır . Periyodik Tablodan^{(Periodic Table)} seçtiğiniz element , açılır listede mevcut olacaktır.

Kimyasal bir bileşik çizme adımları:

1. ^(Select)Sol paneldeki açılır menüden bir öğe seçin ve eklemek için siyah ekrana tıklayın.
2. Şimdi, açılır menüden başka bir öğe seçin.
3. Farenin sol tıklamasını basılı tutun ve kimyasal bir bağla bağlamak için ilk öğeye sürükleyin. Ayrıca kimyasal bağ tipini tekli, ikili veya üçlü olarak seçebilirsiniz.

Yazılımın araç çubuğunda farklı düğmeler vardır:

• Çizim aracı^{(Draw tool)} : Farklı moleküler bileşikler çizmenizi sağlar.
• Gezinme aracı^{(Navigation tool)} : Bunu kullanarak moleküler modeli hareket ettirebilir, döndürebilir, yakınlaştırabilir ve uzaklaştırabilirsiniz.
• Bağ merkezli manipülasyon aracı^{(Bond centric manipulation tool)} : Bu aracı seçin ve açıyı görüntülemek için bağlardan herhangi birine tıklayın.
• Otomatik döndürme aracı^{(Auto rotation tool)} : Bu aracı seçin ve “ Başlat^(Start) ” düğmesine tıklayın. Şimdi, farenin sol tıklamasını basılı tutun ve herhangi bir yöne sürükleyin. Sol tıklamayı bırakın, moleküler model otomatik olarak dönmeye başlayacaktır.

Bileşiklerin bağ uzunluğunu otomatik olarak yeniden boyutlandırmak istiyorsanız, “ Extensions > Optimize Geometry ”e gidin veya “ Ctrl+Alt+O ” tuşlarına basın . Enerjiyi hesaplamak için “ Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy ” seçeneğine gidin .

Dosyayı Kaydetme^{(Saving the File)} : Projenizi  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM dahil olmak üzere birçok formatta kaydedebilirsiniz . Bunun dışında, projenizi PDF, SVG, BMP, JPG, PNG^{(PDF, SVG, BMP, JPG, PNG)} vb. olarak kaydedebileceğiniz bir dışa aktarma seçeneği de mevcuttur  .

2] MoluCAD

MoluCAD  , bu listedeki bir başka ücretsiz moleküler modelleme yazılımıdır. Avogadro gibi , o da birçok özellik ile birlikte geliyor. Bu yazılımda hem 2D hem de 3D görüntüleri yan yana görüntüleyebilirsiniz. Yaygın olarak kullanılan bazı öğeler, yazılımın sol panelinde bulunur. Ana alana eklemek için herhangi bir öğeye tıklamanız yeterlidir. Eklemek istediğiniz element orada yoksa Periyodik Tablodan^{(Periodic Table)} seçebilirsiniz . Periyodik Tabloyu^{(Periodic Table)} görüntülemek için siyah alana sağ tıklayın ve “ Atom Ekle^{(Add Atom)} ” düğmesine tıklayın.

Kimyasal bir bileşik çizme adımları:

1. ^(Click)Eklemek için sol paneldeki herhangi bir öğeye tıklayın .
2. Eklemek için başka bir elemente tıklayın veya bunu ^(Click)Periyodik Tablodan^{(Periodic Table)} seçebilirsiniz .
3. Elemanları bağlamak için, “ Add > Bonds – Connect Atoms ” seçeneğine gidin ve kimyasal bağın türünü seçin. Şimdi ilk atoma tıklayın ve ardından ikincisine tıklayın.

Elementlerin yanı sıra bileşikler de ekleyebilirsiniz. Sağ panelde farklı moleküller, amino asitler, fonksiyonel gruplar, yalnız çift atomlar^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} vb. bulacaksınız  . Herhangi bir yapıyı seçin ve ana boşluğa sürükleyip bırakın. Energy > Evaluate Energy ” seçeneğine tıklayarak moleküllerin enerjisini hesaplayabilirsiniz .

“ Sorgu^(Query) ” menüsünü  kullanarak iki atom arasındaki mesafeyi, bağ uzunluğunu, bağ açısını, burulma açısını, kütle merkezini vb. hesaplayabilirsiniz. 3D yapıyı ^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)}üst, ön, yan ve^{(top, front, side, and oblique)} dört farklı görünümde görüntüleyebilirsiniz.  eğik . Modeli top ve çubuk, boşluk doldurma, borular^{(ball & stick, space fill, pipes)} ve daha fazlası gibi farklı formlarda görüntülemek  için “ View > Graphics Mode

Dosyanın Kaydedilmesi : Projeyi ^{(Saving the file)}MCD formatında kaydedebilirsiniz . “ Dosya ” menüsünde “ ^(File)Dışa Aktar^(Export) ” seçeneğini kullanırsanız projenizi  JPEG  ve  Windows BITMAP  formatlarında kaydedebilirsiniz.

3] Argus Laboratuvarı

ArgusLab  , anlaşılması kolay özelliklerle gelen, kullanıcı dostu başka bir moleküler modelleme yazılımıdır. Bu yazılımı kullanarak farklı kimyasal bileşiklerin yapısını oluşturabilirsiniz. Yazılımın sol panelinde üç sekme mevcuttur:

• Atomlar : Bu sekme, ^(Atoms)Periyodik Tablonun^{(Periodic Table)} farklı öğelerini içerir . Her bir atoma tıklandığında, yazılım geometrisini görüntüler. Periyodik Tabloyu başlatmak için “ Periyodik ^{(Periodic Table)}Tablo ” düğmesine ^{(Periodic Table)}tıklayın^(Click) .
• Halkalar^(Rings) : Burada farklı türde kimyasal halka yapıları elde edeceksiniz.
• Amino Asitler^{(Amino Acids)} : Bu sekme, farklı amino asit türlerini gösterir. Bu sekmede ayrıca “ Polipeptid Oluşturucu^{(Polypeptide Builder)} ” da mevcuttur.

Kimyasal bileşik çizme adımları:

1. Bir öğe eklemek için sol paneldeki “ Atom ” sekmesine tıklayın.^(Atom)
2. ^(Select)Mevcut öğelerden herhangi birini seçin . İstediğiniz element yoksa “ Periyodik Tablo^{(Periodic Table)} ”dan aynısını seçebilirsiniz .
3. ^(Use)Öğeyi sağlanan alana yerleştirmek için sağ tıklamayı kullanın .
4. ^(Select)Başka bir öğe seçin . Şimdi, sol tıklamayı kullanarak son elemanı seçin ve sağ tıklamayı kullanarak diğer elemanı yerleştirin. Bu iki elementi birleştirecek ve bir bileşik oluşturacaktır.
5. Boşluğa halkalar ve amino asitler eklemek için aynı adımları izleyin.

4] Ascalaph Tasarımcısı

Ascalaph Designer  bir başka iyi moleküler modelleme ücretsiz yazılımıdır. Yazılımın en iyi yanı, bilgisayarınıza yüklemenize gerek olmamasıdır. Yürütülebilir bir dosya ile birlikte gelir. Yazılım zip formatında indirilecektir. Ayıkladıktan sonra, yürütülebilir dosyayı “ bin^(bin) ” klasöründe bulacaksınız .

Kimyasal bir bileşik çizme adımları:

1. Yeni bir proje başlatmak için “ Ctrl+N
2. Element eklemek için Periyodik Tabloyu^{(Periodic Table)} açmanız gerekir . Bunun için “ Build > Free Drawing ”e gidin .
3. Öğelerden herhangi birini seçin ve “ ^(Select)Ctrl+Shift ” tuşlarına basarak boşluğa yerleştirin .
4. Yukarıdaki adımı kullanarak başka bir element yerleştirin ve kimyasal bir bağ ile bağlamak için onu son elemente sürükleyin.

Sağ paneldeki butonlara tıklayarak her bileşiği top ve çubuk, tel kafes, CPK^{(ball and stick, wireframe, CPK)} vb . farklı şekillerde görüntüleyebilirsiniz  . Periyodik Tablodan^{(Periodic Table)} herhangi bir elementi seçtiğinizde , element adı, hibridizasyon, kovalent ve Van Der Waals çekim kuvvetleri^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} gibi ek bilgileri size gösterir  . Enerji, sıcaklık, basınç, dipol momenti^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} vb. dahil olmak üzere farklı hesaplamalar yapmak  için “ Analiz ” menüsüne tıklayın.^(Analyze)

Dosyayı^{(Saving the file)} kaydetme : Projenizi sadece  mim, hin, xmol ,  mmol, smol,  vb. dahil olmak üzere kendi formatlarında kaydedebilirsiniz. Bu ücretsiz yazılımın dezavantajı budur.

Umarız bu gönderiyi okul ve üniversite projeleriniz için faydalı bulmuşsunuzdur.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will cover the beѕt free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Best Windows 10 için ücretsiz Barcode Scanner software

• Windows 10 için Best Free Circuit Simulation software

• Windows 10 için Best Free Remote Desktop Software

• Best Windows 10 için ücretsiz Drone Mapping software

• Windows 10 PC and Android Phone için Best IP Camera apps

• MOBI için Convert EPUB - Windows 10 için ücretsiz dönüştürücü araçları

• Best Windows 10 için ücretsiz Bitcoin Mining Software

• Geek Uninstaller - Windows 10 için taşınabilir bir Hepsi-in-one Uninstaller

• Best Windows 10 PC için PDF converter araçları için ücretsiz epub

• Best ücretsiz Remote Desktop software Windows 10 için

• Best Ücretsiz Connectify alternative Yazılım Internet Windows 10'te Paylaş

• Watch Dijital TV ve Windows 10 ProgDVB ile Radio'ü dinleyin

• Best ücretsiz File Splitter and Joiner software Windows 10 için

• Best ücretsiz Window Manager software Windows 10 için

• Windows 10 için Best Free ISO Burners

• Create Windows 10 için PeperNote ile basit notlar

• Start Everywhere Windows 10 için bir Start Menu alternative'tür

• ClickChart Windows 10 için ücretsiz bir Diagram & Flowchart software'dir

• Windows 10 için Best Speech Recognition software

• Ashampoo WinOptimizer optimize Windows 10 ücretsiz bir yazılımdır